Ilham menjadi saksi dengan terdakwa kasus dugaan suap pengurusan kuota impor daging sapi Kementerian Pertanian, Ahmad Fathanah. Di Pengadilan Tipikor Jakarta, Ilham yang pada pilgub 2012 lalu berpasangan dengan Azis Kahar Muzakar mengakui memberikan uang tersebut secara bertahap melalui Ahmad Fathanah. Menurut Ilham mesin politik PKS yang kuat, membuat dia rela memberikan uang sejumlah tersebu.